天主教南京总教区(Archidioecesis Nanchinensis)是天主教在中国南京设立的一个教区，下辖6个教区，石鼓路天主教堂是天主教南京总教区的主教座堂。

　　清朝顺治十八年(1660年)，罗马教廷传信部在中国推行宗座代牧制，从澳门教区分设南京宗座代牧区(Apostolic Vicariate of Nanking)，将代牧的任命权从葡萄牙手中变相收回。清朝康熙十五年(1676年)，教皇克雷芒十世任命中国籍传教士罗文藻担任宗座代牧。他是历史上第一位中国籍主教，也是1926年以前惟一的一位中国籍主教。清朝康熙二十九年(1690年)，为安抚葡萄牙，罗马教廷决定，将北京、南京两个代牧区提升成为教区，属葡萄牙派人管理，这标志着南京教区(Diocese of Nanking)的正式成立。当时南京教区管理江苏、安徽和河南等地。中国礼仪之争后，康熙帝、雍正帝全面禁止天主教在中国传教，天主教在城市里基本消失，但在松江府、崇明、海门、无锡以及五河县的农村，尤其是渔民中间，仍有为数不少的天主教徒。在100多年的禁教时期，南京教区的主教经常藏身在小船里，往来于江南的河网地带，夜间为教徒们秘密做弥撒。重心转移到上海 第一次鸦片战争之后，清政府和法国于道光二十四年(1844年)签订中法黄埔条约，宣布重新允许天主教在中国传教，发还教产。清朝咸丰六年(1856年)1月21日，教廷将南京教区改为江南代牧区(Apostolic Vicariate of Kiangnan)，辖江苏、安徽两省，主教驻上海，委托耶稣会管理。南京成为江南代牧区之下的一个总铎区。1921年8月8日，江苏省和安徽省分别成立江苏代牧区(Apostolic Vicariate of Kiangsu)和安徽代牧区，主教座堂分别位于上海和芜湖。1922年5月1日，江苏代牧区又改名为南京代牧区(Apostolic Vicariate of Nanking)。南京代牧区的主教有姚宗李(1922年—1931年)和惠济良(1931年-1933年)。1926年和1931年，教廷将江苏省长江以北信徒较多的2个地区划出，分别成立了海门教区和徐州教区。1936年，教廷又划出江苏省长江以南、无锡以西的地区成立南京教区，江苏省剩下的地区(上海、苏州和大半个苏北)成立上海教区。于斌出任南京教区主教。主教座堂设在首都南京的石鼓路圣母无原罪主教座堂。南京教区大部分的教友都位于无锡总铎区，无锡三里桥若瑟堂的规模也大于南京的主教座堂。1946年4月11日，教廷宣布在中国实行圣统制，设立137个教区，归属20个总主教区管辖。南京升格为总教区(Metropolitan Archdiocese of Nanking)，于斌出任总主教，是当时仅有的三位中国籍总主教。南京总教区下辖海门教区、上海教区、徐州教区和苏州教区。 1949年，于斌离开南京，后来去了台湾。1951年，南京教区代理主教李维光等人发表宣言，要求“坚决肃清帝国主义在中国教会内的一切势力和影响”，反对罗马教廷干涉中国内政(如禁止教徒参加一些政治组织)， 要求将教廷驻华公使黎培里驱逐出境。1959年，南京教区自选自圣了李维光为主教。继任者有钱惠民(1981-1993)、刘元仁(1993—2005)、陆新平(2005至今)。